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計算機輔助藥物設計:基本方法原理概要與實踐詳解(新世紀應用型高等教育)(簡體書)
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計算機輔助藥物設計:基本方法原理概要與實踐詳解(新世紀應用型高等教育)(簡體書)

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商品簡介
作者簡介
名人/編輯推薦
目次
書摘/試閱

商品簡介

本書系作者在近年來為同濟大學本科生開設的“計算機輔助藥物設計”課程所用講義基礎上,經擴展、補充和修改編寫而成。
本書內容涵蓋了“計算機輔助藥物設計”七大研究方向———虛擬小分子生成、大分子結構預測、定量構效關系、藥效團模型、分子對接、全新藥物設計和動態模擬(分子動 力學/隨機動力學/蒙特卡洛),并且第一次系統地對這些技術的操作進行了講解。本書共有九章,第一章對“計算機輔助藥物設計”和配合本書實例講解的國際著名軟件MOE的全貌進行了介紹;第二章到第八章依次對“計算機輔助藥物設計”的七大研究方向進行了理論和實踐操作的系統介紹;第九章對MOE中三個特色模塊進行了單獨介紹。另外,每章還設有一個“知識拓展”,該部分主要是介紹一些更為前沿或熱門的知識,希望能為讀者的相關研究或深入學習起到拋磚引玉的效果。
另外,為方便使用,凡本書中提及的輸入文件、中間結果和最后結果等附件,讀者均可到www.cadd-moe.org網站中按章節免費獲取。
本書是國內第一本專門為本科生撰寫的《計算機輔助藥物設計》教材,此外,本書也將是工業界相關人員和研究生的一本非常合適的參考書。

作者簡介

朱瑞新博士任教于同濟大學生命科學與技術學院。其主要科研方向有:

名人/編輯推薦

“計算機輔助藥物設計”是門非常綜合且前沿的學科,對于本科生而言系統的理論學習將會嚴重打擊其學習的積極性;同樣如果只是科普性的介紹一些新概念或者介紹一些傳奇故事,而不進行系統的實踐操作,那么學生們的動手能力無法得到很好的訓練,這點對于部分本科畢業即將要走上工作崗位的同學顯得尤為重要。因此本書對于理論部分的介紹盡量做到簡明扼要,而對于實踐操作的講解盡量做到詳細,以期能夠讓讀者一直保持著“強烈的掌握欲望”快速掌握“計算機輔助藥物設計”核心技術。

目次

第一章 “計算機輔助藥物設計”與MOE概貌 一、導言 二、“計算機輔助藥物設計”概貌 三、MOE概貌 四、知識拓展 五、本章小結 六、復習思考題第二章 虛擬組合庫設計 一、虛擬組合庫設計的運用 二、組合化學與虛擬組合庫設計 三、虛擬組合庫設計方法原理 四、虛擬組合庫設計的操作要領 五、知識拓展 六、本章小結 七、復習思考題第三章 生物大分子結構預測 一、生物大分子結構預測的運用 二、生物大分子結構測定與生物大分子結構預測 三、生物大分子結構預測的方法原理 四、同源模建的操作要領 五、知識拓展 六、本章小結 七、復習思考題第四章 定量構效關系 一、定量構效關系的運用 二、構效關系與定量構效關系 三、定量構效關系的方法原理 四、定量構效關系的操作要領 五、知識拓展 六、本章小結 七、復習思考題第五章 藥效團模型 一、藥效團模型的運用 二、活性特征基團和藥效團 三、藥效團模型的方法原理 四、藥效團模型的操作要領 五、知識拓展 六、本章小結 七、復習思考題第六章 分子對接 一、分子對接的運用 二、分子(生化)水平的高通量篩選技術和分子對接 三、分子對接的方法原理 四、分子對接的操作要領 五、知識拓展 六、本章小結 七、復習思考題第七章 全新藥物設計 一、全新藥物設計的運用 二、片段組學(基于片段的藥物設計)和全新藥物設計 三、全新藥物設計的方法原理 四、全新藥物設計的操作要領 五、知識拓展 六、本章小結 七、復習思考題第八章 分子動力學、隨機動力學和蒙特卡洛 一、分子動力學、隨機動力學和蒙特卡洛的運用 二、體系全部性質測定和分子動力學/隨機動力學/蒙特卡洛 三、分子動力學、隨機動力學和蒙特卡洛的方法原理 四、分子動力學、隨機動力學和蒙特卡洛的操作要領 五、知識拓展 六、本章小結 七、復習思考題第九章 MOE中其他實用模塊 一、蛋白一配體相互作用指紋 二、大分子質子化 三、抗體同源模建 四、知識拓展 五、本章小結 六、復習思考題參考文獻

書摘/試閱

一、藥物設計與合成
運用計算機輔助藥物設計和有機合成基本原理和方法進行藥物篩選、改良和全新設計研究。在投資商和生物學研究工作者等緊密合作伙伴的多年幫助下,朱瑞新博士已建有從化學到生物,從分子模擬到實驗測試的完整藥物研發團隊。現主要開展如下三方面的工作:
1. XXX藥的改良(保密);
2. 路線復雜,處理繁瑣的化合物合成相關程序優化(發展新的合成方法或路線);
3. 客戶需求的定制。
二、計算機輔助藥物設計工具的整合與開發
致力于將化學信息學工具與生物信息學工具整合的研究,即藥物設計分子模擬平臺建設(將中藥相關技術作為重心)。現主要開展如下三方面的工作:
1. 化合物的通用數據庫平臺建設(包括數據庫內容和相關分析方法);
2. 整合高通量數據(如芯片數據和測序數據),開發藥物/化合物作用機理分析平臺;
3. 客戶需求的定制。

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