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流域水生態功能分區是在流域水生態系統空間差異特徵分析的基礎上，利用氣候、水文、土體利用、土壤、地形、植被、水質、水生生物等要素建立分區指標，結合人類活動影響來劃分的。水生態功能分區是在"分區、分級、分類、分期"水環境管理理念的指導下，以先進的、規範的技術方法劃分的重要單元，其在大尺度上可以反映水生態系統的特徵差異，為確定水環境品質基準和標準提供依據；在小尺度上可以體現河流水體功能差異，為水質目標的確定、環境容量的計算、分區管理提供控制單元。
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