Détection des orthologues et des paralogues à l'aide de l'arbre phylogénétique

L'orthologie et la paralogie sont des concepts centraux en biologie 憝olutive. La pr嶮iction des orthologues (g鋝es homologues qui ont diverg?en raison de la sp嶰iation) et des paralogues (g鋝es homologues qui ont diverg?en raison de la duplication) fait partie int嶲rante de nombreuses m彋hodes de g幯omique comparative. Un certain nombre de m彋hodes sont utilis嶪s pour d嶮uire l'orthologie et la paralogie. Les orthologues et les paralogues peuvent 皻re d嶮uits ?l'aide de m彋hodes bas嶪s sur les graphes et de m彋hodes bas嶪s sur la phylog幯彋ique. Cependant, les m彋hodes bas嶪s sur les analyses phylog幯彋iques sont tr鋊 proches de la d嶨inition originale de l'orthologie et de la paralogie et sont connues pour 皻re pr嶰ises. Dans le pr廥ent travail, un pipeline pour la d彋ection des orthologues et des paralogues est d憝elopp?sur la base de l'approche phylog幯彋ique. Un ensemble de prot嶯nes a 彋?t幨嶰harg??partir d'UniProt et une base de donn嶪s a 彋?d憝elopp嶪. Des orthologues et des paralogues ont 彋?d彋ect廥 pour la s廦uence de la prot嶯ne interrog嶪. L'algorithme de chevauchement des esp鋃es et le seuil de distance patristique par paire ont 彋?utilis廥 pour identifier une pr嶮iction pr嶰ise et ajust嶪 des paralogues et des orthologues. Une interface conviviale a 彋?d憝elopp嶪 pour faciliter l'utilisation.