DNA和蛋白質序列數據分析工具（簡體書）

全書分9章。第1章，闡述序列比較的核心方法，即運用BLAST和ClustalX等工具做序列比對。第2章，重點介紹核苷酸序列分析工具，主要包括：基因可讀框的識別，CpG島、轉錄終止信號和啟動子區域的預測分析，用mRNA序列預測基因等。第3章，介紹電子克隆的概念和具體操作方法。第4章，用MEGA4做分子進化遺傳分析，繪制系統進化樹，為研究基因進化打好基礎。第5章，對蛋白質基本理化性質、二級結構、結構域和三維空間結構、預測目標蛋白的生物學功能等工具做逐一介紹。第6章，通過Gene Ontology和KEGG兩個數據庫，挖掘基因和蛋白質的功能并做代謝途徑分析。第7章，利用X!Tandem軟件鑒定蛋白質的串聯質譜數據，進而預測蛋白質；同時借助TPP軟件包進行蛋白質組學數據統計學分析，優化檢索結果。第8章，使用TqVl4軟件實現芯片的數據采集和標準化處理，并借助GenMAPP軟件挖掘芯片數據的生物學意義。第9章，通過Cytoscape軟件演示，介紹系統生物學分析概況，展示蛋白質-蛋白質相互作用，應用插件做網絡結構分析。書后附有專業詞中英文對照。 本書是為從事生物學、醫學、農學及計算機科學等領域研究的研究生、大學生、教師、醫生、研究人員、計算機工作人員提供的通俗易學的手冊和工具。

前言
第1章 序列比對工具BLAST和ClustalX的使用
1.1 序列比對BLAST
1.1.1 網上運行BLAST
1.1.2 本地運行BLAST（Windows系統）
1.2 多序列比對（ClustalX）
1.2.1 ClustalX的使用
1.2.2 數據的輸入
1.2.3 數據的輸出
主要參考文獻
第2章 真核生物基因結構的預測分析
2.1 基因可讀框的識別
2.2 CpG島、轉錄終止信號和啟動子區域的預測分析
2.2.1 CpG島的預測分析
2.2.2 轉錄終止信號的預測分析
2.2.3 啟動子區域的預測分析
2.3 采用.mR_NA序列預測基因Spidey的使用
2.4 ASTD數據庫簡介
主要參考文獻
第3章 電子克隆
3.1 利用UniGene數據庫進行電子延伸
3.1.1 目標序列的blastn檢索
3.1.2 UniGene數據庫檢索
3.1.3 下載UniGene Cluster中所有EsT序列
3.2 從數據庫中獲取cDNA全長序列
3.3 本地序列拼接
3.3.1 CAP3序列拼接程序
3.3.2 Velvet序列拼接程序
3.4 基因的電子表達譜分析
3.5 核酸序列的電子基因定位分析
主要參考文獻
第4章 分子進化遺傳分析工具（MEGA 4）的使用
4.1 序列數據的獲取和比對
4.1.1 數據庫直接檢索
4.1.2 BLAST比對
4.2 遺傳距離的估計
4.3 分子鐘假說的檢驗
4.4 多序列比對結果文件格式轉換
4.5 系統進化樹構建
4.5.1 進化樹構建方法選擇
4.5.2 進化樹的樹形選擇
4.5.3 進化樹的拓撲結構調整
4.5.4 進化樹樹枝形態的優化
4.5.5 進化樹的保存
主要參考文獻
第5章 蛋白質結構與功能預測
5.1 蛋白質一級結構分析
5.1.1 蛋白質理化性質分析
5.1.2 蛋白質親疏水性分析
5.1.3 跨膜區結構預測

5.1.4 卷曲螺旋預測
5.2 蛋白質二級結構分析
5.2.1 PredictProtein
5.2.2 PSIPRED
5.3 蛋白質結構域與功能分析
5.3.1 Pfam（protein families database of alignment and HMM）
5.3.2 PROSITE
5.3.3 BLOCKS
5.3.4 SMART
5.4 蛋白質三維結構分析
5.4.1 同源建模（homology modeling）
5.4.2 線串法（threading）
5.4.3 從頭預測（ab initio prediction）
5.4.4 蛋白質三維結構觀察
主要參考文獻
第6章 Gene Ont0Iogy數據庫和KEGG數據庫簡介
6.1 Gene Ont010gy數據庫
6.1.1 簡介
6.1.2 用關鍵詞檢索GO數據庫
6.1.3 用序列檢索GO數據庫
6.2 KEGG數據庫
6.2.1 簡介
6.2.2 根據代謝途徑名稱檢索
6.2.3 根據基因名稱檢索
6.2.4 根據序列檢索
主要參考文獻
第7章 蛋白質組學數據分析
7.1 生物質譜技術介紹
7.1.1 質譜技術的基本原理
7.1.2 X！Tandem軟件
7.1.3 Mascot軟件
7.2 蛋白質組學數據統計分析軟件
7.2.1 TPP簡介
7.2.2 TPP的安裝與配置
7.2.3 樣本數據準備
7.2.4 將RAW文件轉換成mzXML文件
7.2.5 由hmfl文件生成pepXML文件
7.2.6 運行PeptideProphet
7.2.7 運行ProteinProphet
7.2.8 數據的過濾篩選和將結果保存成Excel文件
主要參考文獻
第8章 基因芯片數據處理和分析
8.1 芯片數據的獲取和處理
8.1.1 芯片數據的格式轉換
8.1.2 數據基本處理
8.2 芯片數據的檢索和提交
8.2.1 芯片數據的文件格式
8.2.2 芯片數據的提交
8.3 芯片數據的可視化
8.3.1 GenMAPP的概念
8.3.2 GenMAPP的安裝
8.3.3 GenMAPP的使用
8.4 芯片數據聚類分析
8.4.1 CLUSTER
8.4.2 TreeView
主要參考文獻
第9章 系統生物學網絡結構分析
9.1 Cytoscape軟件簡介
9.1.1 概況
9.1.2 主要功能
9.2 軟件安裝
9.3 Cytoscape基本操作
9.3.1 信息輸入
9.3.2 插件安裝
9.4 應用Cytoscape進行基因注釋
9.4.1 BINGO插件的安裝
9.4.2 使用實例
9.5 應用Cytoscape進行細胞定位
9.5.1 Cerebral插件的安裝
9.5.2 使用實例
9.6 應用Cytoscape搜索基因相互作用文獻
9.6.1 Agilent Literature Search插件安裝
9.6.2 使用實例
9.7 應用Cytoscape做網絡分析
9.7.1 將BOND網絡數據庫的信息輸入Cytoscape
9.7.2 網絡分析
主要參考文獻
英漢對照詞匯
索引
彩圖