生物信息學（簡體書）

本書主要涉及生物信息數據庫、序列比對、分子系統發育分析、基因組學與基因預測、蛋白質結構與功能預測、轉錄組與蛋白質組分析以及Perl語言在生物信息學中的應用等內容，力求使讀者全面了解和掌握生物信息學領域的重要基礎知識與基本操作技能。
本書可用作全國農林院校生命科學各專業相關課程的教材。同時，也供有關科研人員參考使用。

什麼是生物信息學？無論是生物信息學的初學者還是其研究者都難以準確回答這個問題，這是由生物信息學專業的特點所決定的。生物信息學領域涉及面十分廣闊，在核酸層面，從單個基因進化分析到全基因組的分析；在蛋白層面，從蛋白質一級序列的進化分析到復雜的蛋白質三維結構分析；從控制基因表達的順式作用元件及啟動子的研究到基因的表達的峰度及時間的微矩陣研究。有關生物信息學的定義，見仁見智。按照目前公認的觀點，生物信息學可以廣義地定義為：利用數學、計算機科學以及統計學等知識來組織和理解生物分子（主要指核酸和蛋白）中所蘊含的信息。簡而言之，生物信息學就是分子生物學的信息管理工具的集成。生物信息學對於現代生物研究有著巨大的推動作用，是當代生物學工作者必備的專業基礎之一。
本書各章通過介紹生物信息數據庫、序列比對、分子系統發育分析、基因組學與基因預測、蛋白質結構與功能預測、轉錄組與蛋白質組分析以及Perl語言在生物信息學中的應用等內容，力求使讀者全面了解和掌握生物信息學領域的重要基礎知識與基本操作技能。考慮到本書主要面對農林專業師生，本書在編寫時側重於方法的講解和應用，而對於算法的理論背景則簡要敘之，此舉並非忽略生物信息學基礎理論對該領域發展的重要意義與價值，而是意在使廣大讀者跳出艱深的理論樊籠而關注應用，因為應用性是生物信息學的重要特徵之一。
本書由陶士珩擔任主編，龐紅俠、吳憲明、郭鳳霞和範丙友擔任副主編。全書一至十章分別由山西農業大學唐中偉、青島農業大學穆平、西北農林科技大學龐紅俠、甘肅農業大學郭鳳霞和範丙友、四川農業大學劉漢梅、西北農林科技大學範三紅、河南科技大學範丙友、內蒙古農業大學陳有君、瀋陽農業大學吳憲明和王振東以及內蒙古農業大學張文廣編寫。陶士珩、龐紅俠、吳憲明、郭鳳霞等共同統稿，吳憲明擔任最後校對。本書得以順利出版，全賴全體作者齊心協力、努力合作。
儘管出版前再三修改，由於編者水平有限，錯謬之處在所難免，敬請國內同行及讀者指正。

前言
1 緒論
　1.1 生物信息學的歷史
　1.2 生物信息學的應用
　1.3 生物信息學與其他學科的關係
2 生物數據庫介紹
　2.1 序列數據庫
　2.2 基因組數據庫
　2.3 占構數據庫
　2.4 功能數據庫
　2.5 其他數據庫資源
3 序列比對
　3.1 概述
　3.2 序列比對的得分系統
　3.3 兩條序列比對方法
　3.4 多條序列比對方法
4 生物信息學常用概率統計學方法簡介
　4.1 概述
　4.2 序列對位顯著性檢驗
　4.3 貝葉斯統計在序列對位中的應用
5 數據庫搜索
　5.1 數據庫檢索
　5.2 數據庫搜索相似序列
　5.3 序列提交
6 分子系統發育分析
　6.1 系統發育與系統發育樹
　6.2 距離法
　6.3 最大簡約法
　6.4 極大似然法
7 基因組學與基因預測
　7.1 引言
　7.2 基因組測序技術及序列組裝
　7.3 功能基因組學
　7.4 比較基因組學
8 蛋白質結構與功能預測
　8.1 蛋白質結構簡介
　8.2 蛋白質三維結構分類及蛋白質家族
　8.3 三維結構比對
　8.4 蛋白質基本性質預測
　8.5 蛋白質二級結構預測
　8.6 蛋白質高級結構預測
　8.7 蛋白質互作分析
　8.8 藥物發現與設計
9 轉錄組與蛋白質組分析
　9.1 轉錄組與基因芯片簡介
　9.2 基因芯片數據采集與分析
　9.3 蛋白質組簡介
　9.4 雙向凝膠電泳數據分析
　9.5 蛋白質質譜數據分析
10 Perl語言在生物信息學中的應用
　10.1 Perl簡介
　10.2 數據結構和程序控制
　10.3 編寫生物信息學應用程序
　10.4 BioPerl應用