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目次
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《蛋白質組學實驗技術精編》內容簡介：目前國際上蛋白質組學研究蓬勃發展，而我國在中長期的規劃中也已經明確加大投入力度。由于蛋白質組學領域的實驗具有成本高、周期長、步驟多、需要的知識面較寬等特點，所以對于實驗人員的要求比較高。
《蛋白質組學實驗技術精編》不求學科方向、常規原理上的詳細講解，但求解決實際實驗問題，以便大家能夠迅速上手開展實驗并做好實驗。體現了下列特色：
深入探討蛋白質組學研究中雙向凝膠電泳、質譜、生物信息學與蛋白質分析這三方面核心實驗內容；
綜合多種實驗的具體方案，探討不同實驗方法之間的優劣，以期使讀者能夠迅速在《蛋白質組學實驗技術精編》中找到最適合、最簡便、最具體的實驗操作方案；
將蛋白質組和質譜研究中的約200個疑難問題進行適當的解析，結合詳細的操作步驟，幫助讀者“既會做也能明白”蛋白質組研究。
《蛋白質組學實驗技術精編》是專為蛋白質組學工作者打造的一本實驗手冊，可供相關領域的研究生、高年級本科生及其他研究人員參考閱讀。
《蛋白質組學實驗技術精編》不求學科方向、常規原理上的詳細講解，但求解決實際實驗問題，以便大家能夠迅速上手開展實驗并做好實驗。體現了下列特色：
深入探討蛋白質組學研究中雙向凝膠電泳、質譜、生物信息學與蛋白質分析這三方面核心實驗內容；
綜合多種實驗的具體方案，探討不同實驗方法之間的優劣，以期使讀者能夠迅速在《蛋白質組學實驗技術精編》中找到最適合、最簡便、最具體的實驗操作方案；
將蛋白質組和質譜研究中的約200個疑難問題進行適當的解析，結合詳細的操作步驟，幫助讀者“既會做也能明白”蛋白質組研究。
《蛋白質組學實驗技術精編》是專為蛋白質組學工作者打造的一本實驗手冊，可供相關領域的研究生、高年級本科生及其他研究人員參考閱讀。
目次
第1章 蛋白質組學概論
1.1 蛋白質組學研究的背景
1.2 蛋白質組學的分類
1.3 蛋白質組學的主要應用
1.4 蛋白質組學的研究策略
1.5 蛋白質組技術的最新進展
1.5.1 定量蛋白質組研究策略
1.5.2 串聯多維分離策略
1.5.3 蛋白質磷酸化分析策略
1.5.4 蛋白質復合體分析策略
1.5.5 細胞器蛋白質組分析策略
1.5.6 生物標志物的質譜驗證策略
1.6 發展趨勢
參考文獻
第2章 雙向電泳實驗設計與統計
分析
2.1 統計學方法簡述
2.2 實驗設計
2.2.1 基本方法
2.2.2 含區組因素的雙向電泳實驗設計
2.2.3 如何合理進行隨機化分組
參考文獻
第3章 雙向凝膠電泳
3.1 樣品制備
3.1.1 基本概念與原則
3.1.2 實驗方案範例
3.1.3 常見問題與解析
3.2 蛋白質定量
3.2.1 BCA法
3.2.2 Bradford法
3.3 第一向等電聚焦（IEF）
3.3.1 IPG膠條、IPG緩沖液與水化液
3.3.2 上樣
3.3.3 常見問題
3.4 第二向SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳
3.4.1 SDSPAGE凝膠的灌制
3.4.2 膠條的平衡與轉移
3.4.3 聚丙烯酰胺凝膠電泳
3.4.4 常見問題
3.5 凝膠的染色
3.5.1 蛋白質組學實驗中聚丙烯酰胺凝膠的考馬斯亮藍染色
3.5.2 蛋白質銀染色法
3.5.3 二價鋅離子負染法
3.5.4 糖蛋白的檢測
3.6 轉印
3.6.1 半干轉印
3.6.2 垂直槽轉印
3.6.3 麗春紅染色
3.6.4 常見問題
3.7 膠內酶解
3.7.1 實驗步驟
3.7.2 常見問題
3.8 差異熒光表達分析系統
3.8.1 實驗步驟
3.8.2 常見問題
3.9 BlueNativePAGE電泳
3.9.1 實驗步驟
3.9.2 常見問題
參考文獻
第4章 MALDITOF質譜技術與問題解析
4.1 MALDITOF質譜簡介
4.1.1 MALDITOF質譜儀
4.1.2 MALDI的基質
4.1.3 MALDITOF質譜基本操作
4.2 肽質量指紋譜技術
4.3 PSD或TOF/TOF肽序列標簽技術
4.4 臨床蛋白質組學技術
4.4.1 原位蛋白質組學
4.4.2 液體蛋白質芯片與血清多肽組學
4.5 MALDI質譜儀器的維護與注意事項
4.5.1 日常儀器維護
4.5.2 樣品檢測注意事項
4.6 常見問題分析
參考文獻
第5章 納升電噴霧串聯質譜技術與問題解析
5.1 電噴霧串聯質譜簡介
5.1.1 電噴霧電離基本原理
5.1.2 電噴霧質譜的特點
5.2 多肽測序與蛋白質鑑定
5.2.1 多肽測序
5.2.2 蛋白質鑑定
5.3 無標記定量蛋白質組研究
5.3.1 基本原理
5.3.2 基於質譜峰強度的定量方法的一般步驟
5.3.3 應用實例
5.4 蛋白質磷酸化分析
5.4.1 前言
5.4.2 磷酸化蛋白質的分離和檢測
5.4.3 磷酸肽的分離
5.5 離子淌度質譜及其應用
5.5.1 基本原理
5.5.2 在蛋白質組研究中的典型應用
5.5.3 展望
5.6 多維色譜串聯質譜聯用技術
5.6.1 基於多維色譜分離的蛋白質組研究基本原理
5.6.2 主要應用及需要解決的關鍵問題
5.6.3 展望
5.7 常規操作、儀器維護與注意事項
5.7.1 QTOF質譜儀的日常操作（Waters公司）
5.7.2 Qstar（AB公司）
5.7.3 BrukerHCT電噴霧質譜儀的基本操作規程
5.8 常見問題解析
參考文獻
第6章 蛋白質組數據分析技術
6.1 生物信息學簡介
6.2 蛋白質組數據庫
6.3 雙向電泳數據庫
6.4 生物信息學網站與工具軟件
6.5 MOWSE算法與結果評估
6.6 蛋白質鑑定與數據庫檢索方法（Mascot）
6.6.1 Mascot檢索參數
6.6.2 數據文件格式
6.6.3 肽的裂解
6.6.4 序列查詢
6.6.5 查詢結果解析
6.7 PMF與MS/MS數據組合查庫方法
6.7.1 操作流程
6.7.2 結果示例
6.8 串聯質譜數據搜庫結果質量控制方法
6.8.1 串聯質譜數據搜庫結果質量控制的研究現狀和問題
6.8.2 結果數據集的質量評價參數
6.8.3 搜庫參數優化
6.8.4 展望
6.9 Mascot的安裝與使用簡介
6.10 常見問題解析
參考文獻
1.1 蛋白質組學研究的背景
1.2 蛋白質組學的分類
1.3 蛋白質組學的主要應用
1.4 蛋白質組學的研究策略
1.5 蛋白質組技術的最新進展
1.5.1 定量蛋白質組研究策略
1.5.2 串聯多維分離策略
1.5.3 蛋白質磷酸化分析策略
1.5.4 蛋白質復合體分析策略
1.5.5 細胞器蛋白質組分析策略
1.5.6 生物標志物的質譜驗證策略
1.6 發展趨勢
參考文獻
第2章 雙向電泳實驗設計與統計
分析
2.1 統計學方法簡述
2.2 實驗設計
2.2.1 基本方法
2.2.2 含區組因素的雙向電泳實驗設計
2.2.3 如何合理進行隨機化分組
參考文獻
第3章 雙向凝膠電泳
3.1 樣品制備
3.1.1 基本概念與原則
3.1.2 實驗方案範例
3.1.3 常見問題與解析
3.2 蛋白質定量
3.2.1 BCA法
3.2.2 Bradford法
3.3 第一向等電聚焦（IEF）
3.3.1 IPG膠條、IPG緩沖液與水化液
3.3.2 上樣
3.3.3 常見問題
3.4 第二向SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳
3.4.1 SDSPAGE凝膠的灌制
3.4.2 膠條的平衡與轉移
3.4.3 聚丙烯酰胺凝膠電泳
3.4.4 常見問題
3.5 凝膠的染色
3.5.1 蛋白質組學實驗中聚丙烯酰胺凝膠的考馬斯亮藍染色
3.5.2 蛋白質銀染色法
3.5.3 二價鋅離子負染法
3.5.4 糖蛋白的檢測
3.6 轉印
3.6.1 半干轉印
3.6.2 垂直槽轉印
3.6.3 麗春紅染色
3.6.4 常見問題
3.7 膠內酶解
3.7.1 實驗步驟
3.7.2 常見問題
3.8 差異熒光表達分析系統
3.8.1 實驗步驟
3.8.2 常見問題
3.9 BlueNativePAGE電泳
3.9.1 實驗步驟
3.9.2 常見問題
參考文獻
第4章 MALDITOF質譜技術與問題解析
4.1 MALDITOF質譜簡介
4.1.1 MALDITOF質譜儀
4.1.2 MALDI的基質
4.1.3 MALDITOF質譜基本操作
4.2 肽質量指紋譜技術
4.3 PSD或TOF/TOF肽序列標簽技術
4.4 臨床蛋白質組學技術
4.4.1 原位蛋白質組學
4.4.2 液體蛋白質芯片與血清多肽組學
4.5 MALDI質譜儀器的維護與注意事項
4.5.1 日常儀器維護
4.5.2 樣品檢測注意事項
4.6 常見問題分析
參考文獻
第5章 納升電噴霧串聯質譜技術與問題解析
5.1 電噴霧串聯質譜簡介
5.1.1 電噴霧電離基本原理
5.1.2 電噴霧質譜的特點
5.2 多肽測序與蛋白質鑑定
5.2.1 多肽測序
5.2.2 蛋白質鑑定
5.3 無標記定量蛋白質組研究
5.3.1 基本原理
5.3.2 基於質譜峰強度的定量方法的一般步驟
5.3.3 應用實例
5.4 蛋白質磷酸化分析
5.4.1 前言
5.4.2 磷酸化蛋白質的分離和檢測
5.4.3 磷酸肽的分離
5.5 離子淌度質譜及其應用
5.5.1 基本原理
5.5.2 在蛋白質組研究中的典型應用
5.5.3 展望
5.6 多維色譜串聯質譜聯用技術
5.6.1 基於多維色譜分離的蛋白質組研究基本原理
5.6.2 主要應用及需要解決的關鍵問題
5.6.3 展望
5.7 常規操作、儀器維護與注意事項
5.7.1 QTOF質譜儀的日常操作（Waters公司）
5.7.2 Qstar（AB公司）
5.7.3 BrukerHCT電噴霧質譜儀的基本操作規程
5.8 常見問題解析
參考文獻
第6章 蛋白質組數據分析技術
6.1 生物信息學簡介
6.2 蛋白質組數據庫
6.3 雙向電泳數據庫
6.4 生物信息學網站與工具軟件
6.5 MOWSE算法與結果評估
6.6 蛋白質鑑定與數據庫檢索方法（Mascot）
6.6.1 Mascot檢索參數
6.6.2 數據文件格式
6.6.3 肽的裂解
6.6.4 序列查詢
6.6.5 查詢結果解析
6.7 PMF與MS/MS數據組合查庫方法
6.7.1 操作流程
6.7.2 結果示例
6.8 串聯質譜數據搜庫結果質量控制方法
6.8.1 串聯質譜數據搜庫結果質量控制的研究現狀和問題
6.8.2 結果數據集的質量評價參數
6.8.3 搜庫參數優化
6.8.4 展望
6.9 Mascot的安裝與使用簡介
6.10 常見問題解析
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