生物資訊學：基礎及應用（簡體書）

第1章 緒論

1.1 生物資訊學的產生與發展

1.2 生物資訊學的研究目的與研究內容

1.2.1 生物資訊學研究目的

1.2.2 生物資訊學研究內容

1.3 生物資訊學在醫學中的應用

1.3.1 鑒定單基因疾病的關鍵致病基因

1.3.2 研究人類複雜疾病的發生機理

第2章 分子生物學資料庫

2.1 概述

2.2 核酸序列資料庫

2.2.1 仁3enBank資料庫

2.2.2 歐洲核酸檔案

2.3 蛋白質序列資料庫

2.3.1 PIR資料庫

2.3.2 Swiss-Prot資料庫

2.3.3 UniProt資料庫

2.4 蛋白質結構資料庫

2.4.1 蛋白質結構資料庫PDB

2.4.2 蛋白質結構分類資料庫SCOP

2.4.3 蛋白質二級結構資料庫DSSP

2.5 其他分子生物學資料庫

第3章 序列比對

3.1 序列比對基礎

3.1.1 序列比對的分類

3.1.2 序列的相似性

3.1.3 序列比對的打分矩陣

3.1.4 序列比對的空位罰分

3.2 雙序列比對

3.2.1 概述

3.2.2 點陣法

3.2.3 動態規劃法

3.2.4 BLAST演算法

3.3 多序列比對

3.3.1 概述

3.3.2 SP模型

3.3.3 動態規劃法

3.3.4 星形比對演算法

3.3.5 CLUSTAL w演算法

第4章 核酸序列分析

4.1 DNA序列資訊分析

4.1.1 DNA序列的基本資訊

4.1.2 DNA序列的特徵資訊

4.2 基因組結構注釋分析

4.2.1 重複序列分析

4.2.2 基因識別

4.3 RNA序列分析

4.3.1 mRNA可變剪接分析

4.3.2 miRNA與靶基因預測分析

第5章 基因組功能注釋分析

5.1 基因組注釋的基礎知識

5.1.1 基因組的組裝版本

5.1.2 基因組的坐標系統

5.1.3 基因組注釋常用格式

5.1.4 基因組座標的邏輯運算模式

5.2 基因組功能注釋的準備工作

5.2.1 基因組組裝版本間的座標轉換

5.2.2 常用格式間的轉換

5.2.3 基因組座標的邏輯運算

5.3 基因組功能的高級注釋

5.3.1 基因組變異位點的注釋

5.3.2 基因集富集分析

5.3.3 製作序列標識

5.3.4 基因組功能注釋分析平臺

第6章 蛋白質序列資訊分析

6.1 蛋白質序列的基本資訊分析

6.1.1 蛋白質的氨基酸組成分析

6.1.2 蛋白質的理化性質分析

6.1.3 蛋白質的親疏水性分析

6.2 蛋白質序列的特徵資訊分析

6.2.1 蛋白質的跨膜區分析

6.2.2 蛋白質的信號肽分析

6.2.3 蛋白質的捲曲螺旋分析

6.3 蛋白質序列的功能資訊分析

6.3.1 基於蛋白質基序的功能分析

6.3.2 蛋白質的結構域和功能位元點分析

6.3.3 基於蛋白質同源性的功能分析

第7章 蛋白質結構分析

7.1 蛋白質二級結構預測

7.1.1 Chou-Fasman方法

7.1.2 GOR（Garnier-Osguthorpe-Robson）方法

7.1.3 PHD預測方法

7.1.4 NNSSP預測方法

7.1.5 多元預測方法

7.2 蛋白質空間結構預測

7.2.1 同源建模方法（homology modeling）

7.2.2 串線法（threading）

7.2.3 從頭預測（ab initio）方法

第8章 生物資訊學與人類複雜疾病

8.1 人類複雜疾病及其分子機理

8.1.1 人類疾病及複雜疾病

8.1.2 複雜疾病發生的分子機理

8.2 複雜疾病的分子機理分析

8.2.1 基因晶片技術及資料分析

8.2.2 蛋白質組學和蛋白質表達分析

8.2.3 轉錄調控的高通量分析

8.2.4 高通量基因分型分析

8.3 複雜疾病與生物分子網路

8.3.1 典型的生物分子網路簡介

8.3.2 複雜生物分子網路的分析與構建

參考文獻